6月5日，萬鋼部長召集科研誠信建設聯席第六次會議，部署處理論文造假工作。科技部牽頭會同中國科協、教育部、衛生計生委、自然科學基金等部門成立聯合工作組，制定了徹查處理工作方案，在現行法律法規等的框架內提出了統一的處理規則，組織涉事論文作者所在單位從行政調查和學術評議兩條線，實事求是對論文質量、論文署名情況、撰寫發表過程、代寫代投第三方機構情況、論文使用情況等開展徹查，基本查清了撤稿論文的情況，為下一步開展處理打下扎實的基礎。
同時各部門對涉事論文作者承擔或正在申請科研項目(基金)、基地建設、人才計劃和科技獎勵等情況進行了全面排查，對相關科研項目、基金等予以暫停。針對此次撤稿事件中參與造假的第三方中介機構，科技部、教育部、衛生計生委、自然科學基金會、中國科協等部門會同中央網信辦、工商部門，啟動網上網下清理工作，打擊論文造假的灰色產業鏈。
科技部政策法規與監督司司長賀德方強調，撤稿是學術期刊自我凈化、自我糾錯的機制，正常的撤稿應當是期刊針對已發表的論文，發現問題的，隨時發現，隨時撤稿。但對數年來的論文集中、大規模的撤稿則是不正常的，一定程度上也是不負責任的，長期以來，我國廣大科技人員堅守高尚的精神境界和良好的道德操守，潛心研究、勇于探索、淡泊名利、求真務實，取得了舉世矚目的成就。絕不能因為個別科研人員違反科研誠信要求、違背科學精神，就否定我們整個科技人員隊伍，否定廣大科研人員做出的杰出貢獻。
科技部、中國科協、教育部、衛生計生委、自然科學基金會將以此次撒稿事件為契機，深化科研評價制度改革，強化以品德、能力、貢獻力為核心的人才評價導向，更好發揮指揮棒和風向標作用。
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