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第一代亞型選擇性PDHK1共價抑制劑

來源: X-MOL 2017-08-21 11:47:35

丙酮酸脫氫酶激酶(PDHK)是一種存在于線粒體內的激酶,能夠磷酸化并抑制丙酮酸脫氫酶復合物(PDC)產生,是葡萄糖代謝從線粒體氧化向無氧糖酵解轉化的關鍵調控酶。PDHK有四個亞型,分別為PDHK1-4,其中PDHK1與癌癥的惡性程度緊密相關。迄今,主要有三種不同抑制機制的PDHK抑制劑報道,包括硫辛酸口袋結合的抑制劑(AZD7545和Nov3r)、N末端的螺旋束結合的變構抑制劑(DCA)、ATP競爭型抑制劑(Radicicol)。盡管報道的PDHK抑制劑數量逐年上升,但抑制的作用機制依然沒有突破上述三種類型,且針對這一靶點還沒有相關的上市藥物。因此,開發全新作用機制的PDHK抑制劑具有重要的創新性和應用價值。


華東理工大學的李劍教授團隊與中科院上海藥物研究所的黃敏、耿美玉、羅成研究員合作,針對李劍自建的老藥庫(約1400種上市藥物),采用基于分子靶標PDHK抑制活性的高通量篩選實驗,成功發現了一個保護性殺菌劑老藥福美雙,具有強效的PDHK1抑制活性(IC50 = 0.113 ± 0.060 μM)。他們以福美雙類似物JX06 (IC50= 0.059 ± 0.013 μM)為靶向化學探針,開展了詳細的抑制作用機制研究,首次發現探針分子JX06是一類全新作用機制的PDHK共價抑制劑,通過二硫鍵共價結合到PDHK1的一個保守的半胱氨酸殘基(Cys240),導致識別并結合到PDHK1的ATP結合域(催化域)附近的一個疏水性區域(口袋)。JX06與Cys240共價結合后通過范德華力誘導Arg286構象發生變化,阻礙ATP進入到PDHK1的催化口袋,從而影響PDHK1的酶催化活性,發揮酶抑制作用。盡管探針分子JX06通過形成二硫鍵發揮激酶抑制作用,但它對其余323種常見激酶的選擇性非常好,而且表現出中等的體內抗腫瘤藥效,作為第一代PDHK1共價抑制劑表現出良好的成藥潛力。該研究的重要應用價值還在于:解釋了一個長期模糊不清的靶向腫瘤代謝有效性不佳的問題,即是否存在一個對糖酵解調控更加敏感的腫瘤細胞亞群。研究發現產酸率(ECAR)與耗氧率(OCR)的比值是一個重要的參數,可以作為腫瘤細胞是否對PDHK1抑制劑敏感的判定標準。ECAR/OCR > 0.5的腫瘤細胞對PDHK1抑制劑特異性敏感,導致ROS的增加和明顯的細胞凋亡現象。這為基于腫瘤代謝的精準治療和PDHK1抑制劑的臨床發展提供了全新的理論基礎(Cancer Res., 2015, 75, 4923-4936)。


在推進JX06臨床前研究的過程中,作者發現單獨應用PDHK1抑制劑僅表現出中等強度的體內抗腫瘤藥效,并通過測試共價抑制劑與靶標結合的kinact/Ki值,證實JX06對PDHK亞型的選擇性較差,考慮到PDHK1-4具有不同的組織分布和生理功能,非選擇性限制了JX06的藥物開發?;诖耍顒εc黃敏繼續合作,開展了第二代PDHK1共價抑制劑的研究,設計合成了近100個JX06新結構衍生物(PCT/CN2016/073384),從中發現了安全性和選擇性全面改進的第二代候選化合物3a (JX27),該化合物表現出對PDHK2、3和4分別超出42倍、46倍和~100倍的選擇性。羅成等通過分子對接模擬出3a與PDHK1-4的相互作用模式,綜合考慮3a與口袋的契合程度以及與共價反應位點處的Cys殘基距離,間接證實了3a特異性抑制PDHK1的共價機制。


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